W chwili obecnej działalność naukowa prowadzona w Zakładzie Bakteriologii Molekularnej skupia się na czterech projektach:

• Doustna immunizacja przeciwko Helicobacter pylori rekombinowanymi przetrwalnikami B. subtilis
• Przetrwalniki B. subtilis jako nośniki antygenów w doustnych szczepionkach
• Rola fosfatazy białkowej PrpE w powstawaniu i kiełkowaniu przetrwalników Bacillus subtilis
• Rekombinowane endospory Bacillus subtilis jako jadalna szczepionka przeciw zakażeniom Clostridium difficile – projekt LIDER II
• Mechanizm działania receptora GerA Bacillus subtilis – projekt HARMONIA

Ponadto w Zakładzie realizowane są również projekty:

• wykorzystanie B. subtilis do biologicznej ochrony roślin ziemniaka,
• opracowanie szybkiego testu do wykrywania Acinetobacter baumannii w próbkach medycznych i środowiskowych
• ocena potencjału antimikrobiologicznego modyfikowanych pentapeptydów.